造成經痛主要的根本發生原因總結的說就是『缺氧』(Hypoxia)
月經的發生
月經形成的主要原因是因為在經期前身體黃體素的濃度已降到最低，這將會誘發分泌內皮素 (Endothelin) 刺激位於子宮肌層中的血管發生緊縮現象，而使外層的子宮內膜能快速凋萎。同時沒有了黃體素的保護後，血液中的鈣質將快速的流進子宮肌肉細胞中，這將使得子宮肌大力的收縮，以讓這層舊的子宮內膜剝離。其目的是為了再造一層新的子宮內膜環境，以迎接下一次受精卵可能的到臨。
原發性生理痛發生原因
由於經前的慢性缺氧，將相對增加黃體素的濃度，一旦因為沒能受孕則將急速消散，這時將比正常濃度的情況引發更多的內皮素還有發炎因子，以及更多的鈣質流入子宮肌層細胞內，使得血管及子宮發生過度收縮，而令經痛的痛楚擴大，這種情況是為原發性經痛或18歲前的經痛。
繼發性生理痛發生原因
當慢性缺氧的問題長期持續發生時，除了原有因為強烈收縮及發炎引發的經痛之外，游離的子宮內膜細胞及子宮周邊器官的外膜層，也因為處在慢性缺氧狀態而發生沾附現象，接著慢慢形成沾黏組織，因此每當經期子宮收縮之際，子宮與各個器官也同時發生拉扯的現象，於是除了產生更嚴重的經痛問題之外，腹瀉(與大腸拉扯)、頻尿(與膀胱拉扯)、腹痛(與胃腸道拉扯)等等問題也一併發作。持續的慢性缺氧，將演變成在沾附點上的游離內膜細胞啟動血管新生而成長增生，於是便形成子宮內膜異位症 (包括子宮肌瘤、子宮肌腺症、巧克力囊腫、腹腔異位增生)等更嚴重的良性腫瘤問題，而使得經痛問題深化嚴重。